南通大学计算机科学与技术学院组建于2004年10月，上承原南通工学院、南通师范学院的计算机专业，已有二十多年的专业办学历史。学院目前拥有计算机技术专业学位硕士点，设有计算机科学与技术、软件工程、网络工程、物联网工程、计算机科学与技术（师范类）、计算机科学与技术(嵌入式培养）、网络工程（国际课程实验班）、软件工程（服务外包）等七个本科专业和方向，现有全日制本科生1200余人。学院还承担全校学生的计算机公共基础教学。
培养目标：本专业培养适应我国社会主义现代化建设需要，德、智、体全面发展，具有良好的政治素养、文化科学素养、较强的学习能力、实践能力和创新精神，较系统地掌握计算机科学与技术的基本理论知识，具有较强地实践应用能力与知识创新能力，能从事有关计算机科学与技术方面的研究、应用和开发工作的高级应用型工程技术人才。
主要课程：高级语言程序设计(C++)、数据结构、软件工程、操作系统、计算机组成原理、汇编语言程序设计、接口技术、数据库原理及应用、计算机网络等。
授予学位：工学学士
经过多年的教学和科研，形成新型计算和软件方法、人工智能与知识工程、网络与信息安全、数据库与信息系统、数字医学工程等多个研究方向，近年来发表学术论文300多篇，其中核心期刊150余篇，SCI、EI、ISTP收录130余篇，出版专著教材近20部，承担国家自然科学基金、江苏省科技厅、江苏省教育厅、南通市科技局等各级各类科研项目60多项，横向开发、转让科技成果20多项，为地方经济发展和人才培养做出了积极的贡献，先后被省市有关部门确定为江苏省中小学教师信息技术培训基地、南通市CAD/CAPP/PDM应用技术服务中心、南通市信息化带动工业化培训基地。
培养目标：本专业培养系统地掌握计算机、通信和网络方面的基本理论、知识和技能，具有良好工程素质，并能运用所学知识分析、解决实际问题，能在信息产业、企事业单位、行政管理部门从事大中型计算机网络系统的规划、设计，网络系统的管理与维护，以及小型网络应用系统的设计、开发、集成和项目管理的高级工程技术人才。
主要课程：高级语言程序设计(C++)、数据结构、操作系统、计算机组成原理、计算机网络、数据库原理及应用、网络通信技术、信息与网络安全、网络工程技术等。
授予学位：工学学士
人才培养取得良好成果，学生先后获得“挑战杯”全国大学生课外科技作品竞赛二等奖2项、三等奖2项，“挑战杯”全国大学生创业计划大赛银奖1项，全国大学生软件设计大赛一、二等奖、全国大学生嵌入式设计大赛一、二等奖、全国大学生数学建模比赛二等奖、全国大学生机器人仿真大赛二等奖等50多项国家级、省级竞赛奖励，学生自主研发的软件获国家版权局软件著作权4项，10余名学生在学术期刊和国际会议发表论文，许多毕业生考取北京大学、南京大学、香港中文大学、美国德克萨斯大学、英国曼切斯特大学、澳大利亚墨尔本大学等国内外高校硕士研究生，多名学生在校期间创办了公司，毕业生就业情况良好，就业率连年超过95％以上，许多毕业生进入知名中、外资企业或政府部门工作，受到用人单位的欢迎和好评。
培养目标：本专业以软件企业人才需求为导向，面向国民经济信息化建设和发展的需要，培养掌握扎实的计算机基础理论知识和较宽的工程专业知识，具有创新能力，有较强的软件开发能力、工程实践能力和团队协作精神，德智体全面发展的有国际竞争力的较高层次、应用型、复合型软件工程技术人才。
主要课程：高级语言程序设计(C++)、数据结构、操作系统、计算机组成原理、软件工程、数据库原理及应用、计算机网络、管理信息系统、软件测试技术等。
授予学位：工学学士
培养目标：本专业面向软件外包行业，培养拥有软件工程和服务外包工程领域理论基础和工程应用能力，掌握运用包括信息技术在内的综合学科知识的方法，具有良好的科技和人文素质，熟练的外语运用能力，具备跨多个行业、不同文化背景的工作能力和团队协作能力，具有创新精神、较强的实践能力和持续发展潜力，富有国际化视野和市场服务意识，符合现代服务经济和产业发展需求，德智体全面发展的软件工程技术应用型与服务型人才。
主要课程：面向对象的程序设计、数据结构、操作系统、计算机组成原理、软件工程、数据库原理、计算机网络、软件质量保证和测试、软件项目管理等。
授予学位：工学学士
学院下设计算机科学与技术系、软件工程系、网络工程系、计算机基础教学部、实验中心等教学单位。现有教职工110人，其中正教授7人，副教授50人，博士生导师2人，硕士生导师33人。