畜牧兽医系高职开设畜牧兽医、动物医学（宠物医学）专业。畜牧兽医专业是自治区首批精品专业。
畜牧兽医系采用汉语及蒙汉双语教学，践行“校中场，场中校”和“做中学，学中做”的现代职业教育模式，实施理实一体化教学。学生入学第三年，根据专业爱好和就业愿望，在养殖场或动物医院进行专业课教学与实训，将岗前培训前置，实现理论教学、认知实习、跟岗实习、顶岗实习、上岗工作有机衔接。同时，为优秀的毕业生建立了专升本通道，每年有百分之二十的学生可升入内蒙古农业大学继续深造。
畜牧兽医系具备与专业岗位技能配套的18个实训室及全科动物医院，设有先进的现代化仿真教学设备，同时与国内大型牧场、知名动物医院建立长期稳定的校企合作关系，真正实现了产教融合、知行合一、校企共育。学生毕业前可考取国家职业资格证书，持证上岗。学生就业稳定率高，薪酬可观。
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