学校成立于1958年，在如歌岁月中，一代代包医人秉承“团结、敬业、求实、创新”的校训，同心致远、聚力前行，以热血丹心为国家育医学人才，在草原边疆播撒卫生健康的希望。
作为新中国在少数民族地区较早建立的一所普通本科高等医学院校，包头医学院在建校当年即招收五年制临床医学专业本科学生。1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后并入包头医学院。1965年，改为包头医学专科学校。1978年，教育部批准恢复包头医学院。2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师范学院合并组建内蒙古科技大学，2005年2月内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，学校冠名为内蒙古科技大学包头医学院。
学校坐落于有着“草原钢城”“稀土之都”美誉的内蒙古自治区包头市，现有东河、青山两个校区。学校占地面积70万平方米，建筑面积38.61万平方米。学校现已形成全日制本科教育、研究生教育、和职业教育多层次办学格局和以医学为主，法学、教育学、文学、理学、管理学协调发展的学科体系。1997年通过原国家教委本科教学工作合格评估，2008年在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”，2017年接受教育部本科教学工作审核评估，2020年通过教育部临床医学专业认证。
学校设有研究生院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术与麻醉学院、口腔医学院、药学院、中医学院、人文学院、马克思主义学院、运动康复学院、计算机科学与技术学院、学院、全科医学院、国际交流学院、卫生健康学院等16个学院；设临床医学部，统筹协调10个临床医学院和1个精神卫生学院临床教育教学工作。学校有附属医院、教学医院和实习医院34所，其中2所为直属附属医院，社区卫生实践基地11个。有预防医学专业实践教学基地28个、药学专业实践教学基地7个、法医学专业实践教学基地10个，还有其他专业实践教学基地26个。
学校面向19个省（市、自治区）招生，现有各级各类学生13000余名。开设22个本科专业，有国家级一流专业建设点1个，自治区一流专业建设点8个。有自治区级品牌专业5个，自治区级重点建设专业2个。预防医学专业为国家级特色专业建设点、教育部首批地方高等学校专业综合改革试点。
学校自1980年开始招收硕士研究生，1986年获批硕士学位授权单位。现有基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学、马克思主义理论5个一级学科硕士学位授权点，人体解剖与组织胚胎学1个二级学科硕士学位授权点，临床医学、公共卫生、药学3个硕士专业学位授权点。
学校以学科建设为龙头，教学科研并重，突出内涵式发展。现有国家临床医学重点专科1个，内蒙古自治区医疗卫生领先学科5个、内蒙古自治区医疗卫生重点学科4个，内蒙古自治区高等学校教育系统重点学科4个，内蒙古自治区高等学校教育系统重点（培育）学科2个。建有内蒙古自治区级重点实验室4个，内蒙古自治区医疗卫生重点实验室2个，内蒙古自治区高校重点实验室1个、内蒙古自治区高校重点（培育）实验室1个，内蒙古自治区级实验教学示范中心5个，内蒙古自治区工程研究中心2个、内蒙古自治区工程技术研究中心5个。校内设转化医学中心1个，校级研究所（室）30个。
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