根据教育部及中国科学院大学相关规定，国家计划内全日制研究生的学费标准为：博士生10000元/年生，硕士生8000元/年生，按学年收取。确因家庭经济困难无法缴纳的学生在入学后可申请缓交或减免。
在学期间，本所为研究生提供了高额奖助体系。同时为在学研究生购买了成都市大学生普通医疗保险大学生医保基本医疗保险、大病医疗保险、大病互助补充保险、重特大疾病医疗保险和意外保险。除此之外，成都有机化学研究所在学硕士研究生还享受以下奖助学金待遇：
| 类别 | 一年级 | 二年级 | 三年级 |
| 国家助学金 | 600 元 / 月 | 600 元 / 月 | 600 元 / 月 |
| 国科大学业奖学金 | 8000 元 / 年 | 7500-8500
元 / 年不等
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7500-8500
元 / 年不等
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| 科研助理津贴 | / | 600-1200 元 / 月 | |
| 优秀学子奖学金 | 200-500 元 / 月不等 | ||
| 国家奖学金 | 20000 元 / 年 ? 生（评选） | ||
| 其他 | 中国科学院和成都分院各类冠名奖学金、临时助管岗位津贴、科研奖励、过节补贴、获奖奖励等 | ||
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