“外国语言学及应用语言学”专业始建于1955年，是全国首批设置的同类学科之一，招收硕博士研究生。下设8个研究方向：(1)语音学与音系学；(2)语言类型学；(3)形态学与句法学；(4)认知语言学；(5)社会语言学；(6)心理与神经语言学；(7)语料库语言学；(8)手语语言学。
“语言政策与语言教育”专业始建于2012年，是全国第一个同类学科，招收硕博士研究生。下设3个研究方向：（1）语言生活调查与研究；（2）语言政策研究；（3）语言教育研究。
综合说来，上外语言研究院将在语言学本体研究、心理/神经语言学、语言数据科学、语言政策研究等四个方向有大的突破。为此，学院建有数个高端实验室，包括磁共振脑功能成像中心。国家111工程“语言政策与语言教育研究学科创新引智基地”、“上海市语言文字推广基地”、上海市一流研究生引领计划项目子项目“世界语言政策”等正在由学院主持建设。