南京市莫愁中等专业学校是国家级重点职业学校，江苏省四星级中等职业学校、江苏省高水平示范性职业学校、江苏省模范学校、江苏省德育先进学校、江苏省技能大赛先进单位。2016年被评为江苏省高水平现代化职业学校，2019年被评为江苏省现代化示范性职业学校，2020年学校被评为江苏省中等职业学校领航计划建设单位，具有显著的办学成效和较高的社会声誉。
学校隶属于南京市建邺区教育局，设有药学系、信息工程系、现代商旅系和文化艺术系四系部。文物修复与保护、连锁经营与管理专业为江苏省特色专业；药物制剂技术、电子与信息技术专业为江苏省品牌专业；药品生产技术专业群、文物修复与保护专业群为省现代化专业群；非遗手工技艺实训基地、药物制剂技术实训基地为省现代化实训基地。2017年，南京市人民政府批准学校成立“南京非物质文化遗产专业学院”，2018年南京市教育局批准学校成立“制药专业学院”。
学校现有专任教师202人，其中硕士学历76人，江苏省特级教师2人，正高级讲师2人，副高职称教师68人，南京市学科带头人14人，南京市教科研中心组成员15人，南京市优秀青年教师22人。建有1个省级名师工作室，3个市级名师工作室，1个区级名师工作室。
学校坚持“面向市场、提升素质、强化能力、可持续发展”的办学理念，秉承“务实、尚美”的校训，以“激情办学、真情爱校、亲情育人”的三情育人情怀，努力践行“学生幸福、教师自豪、家长满意”的教育理想。
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