建筑与艺术设计学院：以建筑学专业内容为基础，整合建筑类、艺术设计类等学科的知识，形成了建筑设计、环境艺术设计、园林设计、动画设计、视觉传达设计等多个专业方向，凸显了各专业交叉融合、互为支撑，具有高质量应用型鲜明办学特色的专业生态群优势。
电子与计算机工程学院：聚集东南大学优势学科，着眼高新技术发展，融软件工程、大数据处理与应用、集成电路、移动通讯、智能机器人为一体，培养具有创新意识和工程实践能力的综合应用拓展型高素质人才。
土木与交通工程学院：紧密依托东南大学在土木工程（国家双一流A+学科，结构工程国家重点学科，江苏省重点学科）、管理科学与工程（江苏省重点学科）、交通运输工程（国家双一流A+学科）等方面的学科优势，为行业企业培养“基础扎实、知识面宽、能力强、素质高”的高素质应用型人才。
机械与电气工程学院：依托东南大学学科支撑和西门子行业优势，机械系与西门子共建数字化制造学院，面向智能制造领域，基于西门子PLM技术平台，培养企业急需的数字化设计制造人才；电气类专业继承东南大学“面向电力行业办学”的传统，致力于培养电力行业运行管理、设计施工、设备制造等方面的高素质人才。
制药与化学工程学院:依托东南大学“医药、化工、材料、生物、能源、控制”等学科支撑和历史积淀，紧密结合江苏省相关产业发展需求，发挥毗邻医药化工产业基地的独特地理优势,培养高素质制药与化工类及功能材料、药事管理、护理学等应用型本科人才。学院是东南大学、南京林业大学、常州大学、江苏师范大学等多所高校的硕士研究生生源基地，保证了学生的深造需求。
经济管理学院：人才培养遵循“既融又专、互相依存、相互支撑、集成创新”原则，建立以电子商务专业为基础的商贸专业大类和会计学专业为基础的财税专业大类。商贸专业大类以互联网为核心，以特色电商为平台，打造电商、国贸、物流、营销等商贸专业之间互为支撑的专业生态群。财税专业大类整合会计、财管和税收的教学资源，融合发展，培养在扎实掌握会计学理论与实务基础上，具备业财融合、财务管理、税收实务专业能力的高素质应用型人才。
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