《食品微生物学》是食品科学与工程等专业重要的专业基础课程之一。学习此课程以前，学生已经掌握了必要的数学、物理、化学与生物科学的知识，并学习了生物化学等课程。
本课程的目的在于：通过教学，使学生掌握微生物的形态结构、营养、生理、代谢、生长方式和生长规律、遗传和变异以及微生物生态学等基础知识，以及在食品环境中的生长繁殖（微生物与食品原料、工艺、环境的关系）等生命活动规律，微生物在食品工业中应用的基本原理和方法，微生物引起食品污染的途径，引起腐败变质的环境因素，检测和控制有害微生物活动的方法。了解微生物学的发展简史和微生物在食品科学、农业，以及工业、医学、环境保护和生命科学研究和技术发展中的重要应用；了解和掌握微生物菌种分离和培养、染色和观察、菌种选育、菌种保藏、以及有害微生物控制等基本微生物学实验技术原理和方法。为学习后续课程如食品工艺学、发酵工艺学、食品营养与卫生、食品检验、应用微生物学、食品酶学等课程打下必要的专业基础知识。