专业基础课和专业课考试在复试期间组织，科研成果符合免考条件的考生需要考专业课，科研成果不符合免考条件的考生需要考专业基础课和专业课，考试命题、考务、阅卷等工作由报考导师所在学科负责，每门课考试时间不低于60分钟（阅卷完毕后，试卷交所在学科存档）；卷面成绩满分为100分，单科考试分数在60分及以上进入学术创新能力考核，如果低于60分为不合格，申请终止。
报考专业所在的学科负责组织成立学术能力考核小组，考核小组由不少于5位副教授及以上职称的相关专业专家组成，负责对考生的培养潜力与学术创新能力进行综合考核和评价。工作小组须对每一名面试学生在学科背景、专业素质、外语水平、思维能力、创新能力等方面做出书面评价，考核时间不少于30分钟，考核小组需对是否录取给出明确建议及理由，考核分数按百分数计分。
其中对符合外语或专业基础课免试条件的考生，按照该门免试课程85分计入。考生后得分按照专业基础课20%外语20%专业课30%学术创新能力30%计入总分。
报考工程博士的考生和报考科学博士的考生一起参加复试，在复试环节增加对工程应用环节的考核。