申报及遴选程序为个人申请，学校审核，全国博士后管委会办公室组织评审，确定不超过60名候选人。候选人在一定时间内与至多2位合作导师对接。对接成功后，候选人和合作导师共同撰写研究方案，并由候选人向澳门项目秘书处递交申请表和研究方案。澳门科学技术协进会组织项目终评，全国博士后管委会办公室公布获选结果。具体程序为：
申请人登录中国博士后网站“国外境外交流项目”申报系统，查看申报岗位，填写相关信息，生成并打印《澳门青年学者计划申请表》及主要证明材料原件扫描件，并将纸质申请材料报送人力资源部209室。
1、有效身份证件；
2、博士学位证书或答辩决议书。应届博士毕业生如还未进行答辩，可先进行申报，在办理进站手续时提供博士学位证书；
3、代表个人高水平的学术及科研成果材料。论文提供摘要及收录检索证明，专利或奖励提供证书，专著提供目录和摘要。