学校成立“地球科学菁英班人才培养指导委员会”，由校长担任组长，分管教学和学生工作的副校长、副书记、中国科学院大学分管研究生招生工作的副校长、相关科研院所副所长担任副组长，参与“科教结合，协同育人”工作的相关学院、部门和科研院所负责人担任组员。“地球科学菁英班人才培养指导委员会”负责研究确定菁英班人才培养教育教学方案，指导菁英班教育教学管理工作。
李四光学院负责“地球科学菁英班”的教育教学和日常事务管理，负责与中科院各所共同开展联合培养工作；地球科学学院、地球物理与空间信息学院、地理与信息工程学院协同负责地球科学菁英班的专业教学和实习实践。
2019年中国地质大学李四光学院管理机构类似问题答案