新疆财经大学作为自治区一所全日制财经类重点高等院校，经过60年的建设，学校现有管理学、经济学、法学、文学、理学、工学等6大门类，获批博士学位授予单位和应用经济学一级学科博士学位授权点，拥有3个博士二级学科授权点，1个一级学科博士后科研流动站、5个硕士一级学科授权点、26个硕士二级学科授权点、13个专业学位硕士授权点、3个自治区一级重点学科(其中1个高峰学科，2个高原学科)。36个本科专业、4个国家级特色专业建设、3个自治区重点产业紧缺人才专业，3个自治区重点专业、4个自治区实验教学示范中心。
学校现有17个学院、1个专业教学研究部，附设学院。设有中亚经贸研究院、区域经济研究所和金融研究所等研究机构，拥有中国（新疆）与中亚区域经济合作研究中心、新疆企业发展研究中心、新疆社会经济统计研究中心3个自治区普通高校人文社科重点研究基地，以及中亚经贸研究与汉语人才培养基地,设立国家汉语水平考试（MHK）新疆考点和英国雅思考试（IELTS）新疆考点。