1.學費：港澳臺學生與內地（祖國大陸）學生實行同等收費，全程3.9萬元人民幣，教育博士（專業學位）學費：全程12萬元人民幣。4年學制，前三年繳費，第四年免學費。以上學費收費標準若有調整，終以物價部門核准的收費標準爲准。
2.獎學金：我校按照《財政部教育部關于印發〈港澳及華僑學生獎學金管理辦法〉的通知》（財科教〔2018〕139號）及《財政部教育部關于印發〈臺灣學生獎學金管理辦法〉的通知》（財科教〔2018〕140號）規定，接受港澳臺地區研究生申請有關獎學金。此外，福建省政府設立“福建省高校臺灣學生專項獎學金”，寶鋼教育基金會設立“臺灣、港澳學生寶鋼獎學金”，面向在學港澳臺全日制優秀學歷生。港澳臺研究生在學期間還可參加校內各類優秀學生獎學金評選。
3.住宿費 ①我校爲正常學制內的全日制博士研究生提供住宿，住宿費用自理。博士生公寓有1人間和2人間，一般配有網絡、空調、熱水器、保險櫃、衛生間。住宿費爲1200-2400元/人·學年，終以物價部門核准的標準爲准。非全日制博士研究生不安排住宿。
②被錄取在生命科學學院、海洋與地球學院、環境與生態學院、醫學院、藥學院、公共衛生學院、能源學院和航空航天學院博士新生將入住我校翔安校區。思明校區和翔安校區的教學實驗設施、師資、全校性選修課等教學資源共享。翔安校區位于厦門市翔安區，在厦門島的東北方向，與大陸相連，北靠香山風景名勝區，南與大海毗鄰，風景優美。通過翔安海底隧道半小時左右車程可直接抵達思明校區。