1.学费：港澳台学生与内地（祖国大陆）学生实行同等收费，全程3.9万元人民币，教育博士（专业学位）学费：全程12万元人民币。4年学制，前三年缴费，第四年免学费。以上学费收费标准若有调整，终以物价部门核准的收费标准为准。
2.奖学金：我校按照《财政部教育部关于印发〈港澳及华侨学生奖学金管理办法〉的通知》（财科教〔2018〕139号）及《财政部教育部关于印发〈台湾学生奖学金管理办法〉的通知》（财科教〔2018〕140号）规定，接受港澳台地区研究生申请有关奖学金。此外，福建省政府设立“福建省高校台湾学生专项奖学金”，宝钢教育基金会设立“台湾、港澳学生宝钢奖学金”，面向在学港澳台全日制优秀学历生。港澳台研究生在学期间还可参加校内各类优秀学生奖学金评选。
3.住宿费 ①我校为正常学制内的全日制博士研究生提供住宿，住宿费用自理。博士生公寓有1人间和2人间，一般配有网络、空调、热水器、保险柜、卫生间。住宿费为1200-2400元/人·学年，终以物价部门核准的标准为准。非全日制博士研究生不安排住宿。
②被录取在生命科学学院、海洋与地球学院、环境与生态学院、医学院、药学院、公共卫生学院、能源学院和航空航天学院博士新生将入住我校翔安校区。思明校区和翔安校区的教学实验设施、师资、全校性选修课等教学资源共享。翔安校区位于厦门市翔安区，在厦门岛的东北方向，与大陆相连，北靠香山风景名胜区，南与大海毗邻，风景优美。通过翔安海底隧道半小时左右车程可直接抵达思明校区。