哲学系现有四个校级研究中心：国学研究院秉承1925年创建的清华研究院（国学门）的精神，致力于为发展国际化的中国文化研究做出贡献；马克思恩格斯文献研究中心致力于马克思恩格斯文献资料的收集、整理与阐发，拥有一支高水平的科研队伍，该中心建立的两个文库，使清华大学马克思恩格斯文献馆藏水平进入国内高校的前列；清华大学-阿姆斯特丹逻辑学联合研究中心传承与发扬金岳霖创立的“重分析、重逻辑”的哲学传统，研究团队由清华-阿姆斯特丹大学12名学者联合组成，发表了系列成果，学科带头人的学术专著获第七届中国高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）一等奖，成为逻辑学领域近10年空缺之后的首个获奖成果；道德与宗教研究院致力于道德与宗教开展全方位的科研工作，获得多项国家社会科学基金重大项目获得立项或滚动资助。这些平台为哲学教学及科研提供了丰厚的学术资源，为学生开阔视野、了解学术前沿提供了有力的支持。
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