1. 普通招考：面向全社会，自行命题并组织入学考试，择优录取的招生方式。普通招考分初试和复试。招生对象为已获硕士学历或硕士学位人员、应届硕士毕业生以及符合我校报考条件的同等学力考生。
2. 硕博连读：从内蒙古大学在学全日制学术型硕士研究生中选拔并通过博士生入学考核后，确定为博士生的招生方式。硕博连读采用“申请-考核”方式进行，具体内容详见《内蒙古大学硕博连读实施办法》（试行）。
3. “申请-考核”制：面向应届全日制学术学位硕士毕业生和应届全日制专业学位工程硕士（专业代码0852XX）毕业生，具体内容详见《内蒙古大学2019年博士研究生招生“申请-考核”制实施办法》。2019年，蒙古学学院、经济管理学院、化学化工学院、生命科学学院、计算机学院、公共管理学院、民族学与社会学学院、生态与环境学院、蒙古学学院蒙古历史学系、数学科学学院、物理科学与技术学院全部导师指标名额，以及马克思主义学院部分导师指标名额实行“申请-考核”制。实行“申请-考核”制的单位（或导师）如完成全部招生计划将不再组织（或参与）后期招生。
2019年内蒙古大学与中国农业科学院继续联合培养10名博士研究生，由内蒙古大学授予博士学位。联合培养招生专业分别为生态学、生物化学与分子生物学。