硕博连读招生选拔要注重对学生思想政治和品德、科研创新能力、专业能力和综合素质方面的考查。须进行两门专业课考核（考核科目与招生专业目录公布的考试科目相同）。考核可以通过笔试或面试形式进行，考核具体形式由学院自定，成绩按百分制计算（有一科成绩在60分以下将不予录取），研究生招生办将核准并将成绩上报教育部备案。
接收面试工作由院硕博连读考核小组组织实施，考核小组由拟接收学生的博导参加的5名相关领域教授或博导组成。进行选拔考核时要求填写《2019年硕博连读生考核审批表》，并有详细的考核记录，面试考核时间不少于20分钟，考核过程要求录音和录像，考核结果必须有考核小组全体成员签字方可生效。
任何时候一经查出缺少接收面试的环节，将取消该生的硕博连读生资格，由此带来的一切后果由学院和考生负责。
硕博连读生招生全程应严格执行回避制度：博士生导师不能接收亲属及利害关系人攻读本人博士生，且不能参加亲属及利害关系人所报考专业领域的考核小组。参与硕博连读生考核工作的所有老师均要求签署《南开大学接收硕博连读生工作承诺书》，承诺书由学院留存三年。