2018年12月25日-2019年1月11日，第三临床医学院对入围综合考核的申请者重点考核考生综合运用所学知识的能力、本学科前沿知识及是否具备博士研究生培养的潜能和综合素质。学院同时特别要注重考查考生的道德品质、遵纪守法、科学精神、学术道德、专业伦理、诚实守信等方面的情况。综合考核包括综合笔试、综合能力考核和综合答辩。 综合考核总成绩=综合笔试成绩×20%+综合能力考核成绩×50%+综合答辩成绩×30%。第三临床医学院根据考生的综合考核总成绩情况，择优确定拟录取名单，并报研究生院审批。
1.综合笔试（满分100分）
形式：闭卷，时间3小时。
内容：①专业外语测试（占50%）：主要考核考生阅读和翻译外文文献的水平；②专业课测试（占50%）：根据各二级学科确定考试范围，主要考核考生基础理论、专业知识掌握程度。
2.综合能力考核（满分100分）
形式：性，时间5天内完成。
内容：（1）科研思维考核（满分60分）：阅读文献，撰写报考导师指定内容的科研设计；（2）实践操作能力（满分40分），二个项目中学院安排一项考核：①实验/操作技能考核；②临床技能考核。
第三临床医学院会提前告知考核具体时间、地点，并在公布资格审查结果时统一发布。由报考导师和所在学系对考生的综合能力考核进行评分。综合能力考核合格线：60分。综合能力考核不合格者，不予录取。对于思想品德考核不合格者不予录取。
3.综合答辩（满分100分）
形式：第三临床医学院组织成立综合答辩专家小组（至少有3名学术型博士生导师）对考生逐一考核，一般每人不少于20分钟。
内容：基于考生完成的科研设计等材料，对考生综合能力进一步考核，提出专业问题，要求考生现场作答，考核考生综合运用所学知识的能力、创新能力、科研潜质、外国语应用能力等。