1、学生在校期间，学校按照国家教育部发布的《普通高等学校学生管理规定》和《福建医科大学本科学生学籍管理规定》等相关规定进行培养与管理；思想政治课和军训课学分可以其他国情教育类课程学分替代。
2、学生入学后可以申请教育部、福建省等面向台港澳学生设立的奖学金；台湾学生还可以单独申请“台湾学生奖学金”。学校设有优秀学生奖学金、协和奖学金等，多渠道鼓励和支持港澳台侨学生完成学业。
3、学生在学校规定的学习年限内，修完教学计划规定的内容，达到毕业要求，准予毕业，由学校颁发本科毕业证书；毕业生符合《福建医科大学学士学位授予办法》规定的，授予学士学位。