2009年成立数学与系统科学学院。同年，北京航空航天大学与中国科学院数学与系统科学研究院签署科教协同联合办学协议，成立北航-中科院华罗庚数学实验班，探索数学学科拔尖人才培养模式。2019年学院优化调整学科建设方向，更名为数学科学学院。学院本科专业方向有：数学与应用数学，信息与计算科学，信息安全，统计学。
| 专业名称 | 开设学校 | 学制 | 地址 |
|---|---|---|---|
| 数学与应用数学(数学) | 榆林学院 | 4 | -- |
| 数学与应用数学 | 宁波海曙飞越教育培训学校 | 2.5-5 年 | -- |
| 数学与应用数学 | 安徽省宿州幼儿师范学校 | 2 | -- |
| 数学与应用数学 | 奔腾电脑学校 | -- | |
| 数学与应用数学 | 运城市易得电脑学校 | 3 | -- |
| 数学与应用数学 | 鞍山师范学院 | 4 | -- |
2019年北京航空航天大学数学与应用数学专业强基计划培养方案学分制类似问题答案