根据教育部及中国科学院大学相关规定，国家计划内全日制研究生的学费标准为：博士生10000元/年生，硕士生8000元/年生，按学年收取。确因家庭经济困难无法缴纳的学生在入学后可申请缓交或减免。
在学期间，本所为研究生提供了高额奖助体系。同时为在学研究生购买了成都市大学生普通医疗保险和意外保险。除此之外，成都有机化学研究所在学硕士研究生还享受以下奖助学金待遇：
类别一年级二年级三年级国家助学金500元/月500元/月500元/月国科大学业奖学金8000元/年7500-8500元/年不等7500-8500元/年不等科研助理津贴600-1200元/月优秀学子奖学金200-500元/月不等国家奖学金20000元/年?生（评选）其他中国科学院和成都分院各类冠名奖学金、临时助管岗位津贴、科研奖励、过节补贴、获奖奖励等