毕业生应获得以下几方面的能力：
（1）工程知识：熟练掌握数学、自然科学、工程基础和制药工程专业知识，并能够将其用于解决制药过程中所遇到的问题。（G1）
（2）问题分析：能够综合应用数学、自然科学和制药工程科学理论的基本原理，识别、表达、并通过文献研究来分析复杂制药工程问题，以获得有效结论。（G2）
（3）设计/开发解决方案：具有能够综合运用所学的制药工程科学理论，针对制药工程实际问题分析提出和设计解决方案的能力；并且能够设计出满足制药工程专业领域的技术标准，国家关于药品生产、药品安全、环境保护、社会责任等方面的政策和法规需求的工艺流程和GMP车间，并能够在设计环节中体现创新意识，考虑社会、健康、安全、法律、文化以及环境等因素。（G3）
（4）研究：能够利用所掌握的药品制造的基本理论与技术、工程设计的基本原理与方法和生产质量管理与控制等方面的基本知识，药品生产工艺流程制订与车间设计的方法和原理的基本知识来研究制药工程问题，并通过信息综合得到合理有效的结论。同时了解制药工程学科的现状和发展趋势，了解药品生产新工艺、新技术与新设备的发展动态，进而具有对药品新资源、新产品和新工艺进行研究开发和设计的初步能力。（G4）
（5）使用现代工具：掌握查找、阅读制药相关文献的能力，使用现代工程工具和信息技术工具，对药品新资源、新产品和新工艺研究开发和设计进行预测与模拟，并能够理解其局限性。（G5）
（6）工程与社会：能综合运用所学的制药工程科学理论，分析和评价制药工程实践对社会、健康、安全、法律以及文化的影响的能力，并理解应承担的责任。（G6）
（7）环境和可持续发展：具有良好的质量管理意识、环境保护、职业安全和社会服务意识，能够理解和评价针对复杂工程问题的制药工程实践对环境、社会可持续发展的影响。（G7）
（8）职业规范：具有深厚的人文社会科学素养、良好的职业道德、高度的社会责任感和强烈的爱国敬业精神，能够在制药工程实践中理解并遵守工程职业道德和规范，履行责任。（G8）
（9）个人和团体：能够在多学科背景下的团队中承担个体、团队成员以及负责人的角色，具有较好的组织管理、交流沟通、环境适应和团队合作的。（G9）
（10）沟通：能够就制药工程问题与业界同行及社会公众进行有效沟通和交流，包括撰写报告和设计文稿、陈述发言、清晰表达或回应指令。并具备一定的国际视野，能够在跨文化背景下进行沟通和交流。（G10）
（11）项目管理：理解并掌握工程管理原理、一定的经济管理知识与经济决策方法，具有应对药品生产、使用中和公共卫生中突发事件的初步能力，进而能在多学科环境中应用。（G11）
（12）终身学习：具有自主学习和终身学习的意识，有不断学习和适应发展的能力；具有良好的开拓精神和创新意识，有不断获取专业新知识的能力。（G12）