本次博士研究生招生按以下两种方式招生.
（一）“申请-审核”:面向符合条件的申请者，考核选拔具有优秀科研创新能力和学术培养潜质的应届硕士研究生。毕业1-2年的往届硕士研究生参照应届硕士生条件，经学院审定符合培养要求的也可以申请。选拔程序由个人申请、资格审查、综合考核、审批录取四个环节组成。具体实施办法见《南京信息工程大学博士研究生“申请-审核”实施办法》【研发（2016）18号】。
（二）硕博连读:面向符合条件的申请者，考核选拔已完成规定的课程学习，成绩优秀，且具有较强创新精神和科研能力的全日制学术型硕士研究生。选拔程序由个人申请、资格审查、综合考核、审批录取四个环节组成。具体实施办法见《南京信息工程大学招收硕博连读研究生工作实施办法（修订）》【研发（2016）17号】。