博士研究生“申请—考核”制的招生选拔分为申请、考核、录取三个阶段。
（一）申请阶段
1.个人申请环节
申请人向报考导师提出申请，经导师同意，于每年规定时间内向报考学院递交以下材料进行申请：
（1）通过网络报名系统打印的《报名信息简表》、本人自述书（主要介绍本人学习、工作经历、科研情况等）。
（2）两名所报考学科专业领域教授（或相当专业技术职称的专家）的书面推荐意见。
（3）本人有效身份证、学生证复印件；本科和研究生学历、学位证书复印件（应届硕士生学历、学位证书复印件须在入学前补交）；往届生提供教育部学历证书电子注册备案表、应届生提供教育部学籍在线验证报告，境外所获得学位须出具教育部留学服务中心认证证书。
（4）攻读博士学位期间的拟研究方向、探索思路和计划；
（5）已获硕士学位人员需提供硕士学位论文，应届硕士毕业生提供硕士论文详细摘要和研究进展。
（6）本人已公开发表（出版）的学术论文（专著）的复印件；其它可以证明考生科研能力和水平的材料，包括课题、发明专利、获奖证书等复印件。
（7）硕士阶段成绩单（加盖培养单位公章，若为复印件需加盖档案管理部门公章）。
（8）英语水平证明材料；
（9）政治审查表（由所在学校或单位签署意见并盖公章）
（10）学院要求提供的其他材料。
申请人必须保证所有申请材料的真实性和准确性，一经发现弄虚作假，将取消其考核、录取资格或录取后取消学籍。
2.材料审查环节
（1）学院检查申请考生的材料是否齐全，审查考生报考资格是否符合要求。
（2）学院组织专家导师组对考生的申请材料进行认真评审，对考生科研创新能力进行评价，给出审核意见或以评分方式按一定比例确定入围考核名单，材料初审的方式和评审标准由学院自定。初审符合要求后报校研究生院招生办复审。
（二）考核阶段
1.考核阶段主要考查考生综合运用所学知识的能力、科研创新能力、对本学科前沿领域及新研究动态的掌握情况等，并对其进行外国语能力测试，判断其是否具备博士生培养的潜能和综合素质。考核小组对入围者的专业知识、外语水平、科研潜能和综合素质进行综合考核并评分。
2.考核方式采取面试并结合笔试、实验操作等形式开展。面试应包含考核对象的硕士阶段研究总结报告或指定领域的文献综述报告、专家提问与质询等环节，每生面试时间一般不少于30分钟。具体考核方式和考核大纲，由学院考核领导小组研究制定，并提前向考生公布。
3.考核成绩为考核各分项按所占比例计算值之和，实行百分制，60分为合格，考核不合格者不予录取。
4.同一学科考核小组的考核方式、时间、难度和成绩评定标准原则上应一致。
5.笔试试卷应进行密封评阅，要统一评卷要求和宽严尺度，做到给分有理、扣分有据、标准一致。
6.面试考核要求考核小组成员当场实名制给出考核成绩并签名。面试过程中，除统一休息时间外，考核专家不得离场。
7.同等学力考生在考核阶段须加试（笔试）两门本专业硕士学位主干课程，加试成绩不及格者不予录取。
8.考核程序须规范，要有现场记录、成绩和评语，考核全过程须录音录像，考试答卷等相关材料由招生学院存档备查。
9.思想政治素质和品德考核的主要内容是包括考生的政治态度、思想表现、学习（工作）态度、道德品质、遵纪守法、诚实守信等方面，学院可采取面谈、函调等方式对考生的思想政治素质和品德进行考核，不合格者不能录取。
10.所有参加考核的考生须在规定时间在指定医院进行体检，体检要求参照教育部、卫生部、中国残联印发的《普通高等学校招生体检工作指导意见》（教学〔2003〕3号）要求，按照《教育部办公厅卫生部办公厅关于普通高等学校招生学生入学身体检查取消乙肝项目检测有关问题的通知》（教学厅〔2010〕2号）规定的精神执行。体检不合格者不予录取。
（三）录取阶段
1.各学院完核工作后，应根据考生的考核成绩和招生计划，按照择优录取的原则，由学院研究生招生领导小组研究确定本学院拟录取名单并对外公示，公示时间不少于5天，学院研究生招生领导小组对本单位博士研究生录取结果负责。
2.拟录取名单由学院上报研究生院招生办，并经学校研究生招生领导小组审核确定后，在网上公示，公示时间不少于10个工作日。
3.公示无异议的拟录取名单经福建省教育考试院和教育部审查合格后，由研究生院在规定时间内向录取考生发放录取通知书。