学校成立“地球科学菁英班人才培养指导委员会”，由校长担任组长、分管教学和学生工作的副校长、副书记、中国科学院大学分管研究生招生工作的副校长、相关科研院所副所长担任副组长，参与“科教结合，协同培养”工作的相关学院、部门和科研院所负责人担任组员。“地球科学菁英班人才培养指导委员会”负责研究确定菁英班人才培养教育教学方案，指导菁英班教育教学管理工作，解决菁英班人才培养过程中出现的各种问题。
李四光学院负责“地球科学菁英班”的招生、学生事务管理以及与中科院所的联合培养工作；地球科学学院、地球物理与空间信息学院、信息工程学院分别负责地球科学菁英班的专业教学和实习实践。