临床医学系于2006年经教育部批准正式开办三年制临床医学专业，已连续招收普通专科生11年，现有全日制在校专科生1234人，已毕业学生2121人，近三年就业率分别为100%、100%、100%。以“三基为先、助师为导；双向渗透、循环强化”的人才培养模式为社会培养大批高素质高技能实用型医学人才。
目前开设有临床医学、康复治疗技术、医学影像技术3个专业。临床医学系拥有一支结构合理、素质良好、敬业爱岗、专兼结合、富有活力的优秀教师队伍。现有专任教师27人，其中省级教学名师3人，校级教学名师3人；教授3人，副教授8人，中级职称9人；硕士研究生学历教师11人。临床技能实训中心为中央职业教育教育实训基地和云南省高等职业院校专业实习实训教学基地，实训室设备配置齐全，含内科、外科、妇产科、儿科、五官科、康复、急救等实训室，现有设备实训设备总值1679万元。学生实践动手能力强，在首届云南省高等职业院校临床医学实践技能操作大赛中获集体二等奖。
近年来，临床医学系着力进行质量工程建设和科研工作，《诊断学》为省级精品课程，内科教研室为省级优秀教学团队，名师工作室1个。截止2016年底，临床医学系获省级规划课题8项、省教育厅课题9项、市科研项目21项、校级课题7项；公开发表论文148篇；主编、参编教材55部。
1、临床医学专业
培养目标：培养具备临床医学基本理论、基本知识和基本技能，适应临床一线需要，能从事临床诊疗、预防保健、计划生育等工作的应用型高级卫生专业技术人才。
主要课程：人体解剖学与组织胚胎学、生理学、生物化学、病原微生物与免疫学、病理学（含病理生理学）、药理学、诊断学、中医学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、预防医学等。
毕业去向：到市、县、乡镇医院、私立医院、社区服务站、诊所等医疗机构从事临床诊疗、预防保健、计划生育等工作；还可根据国家政策自主创业、参与公务员、专升本等考试和“三支一扶”招募。
2、康复治疗技术专业
培养目标：培养具备临床医学知识、康复治疗技术基本理论知识和技能，能对各种急慢性疾病引起功能障碍的患者和残疾人进行康复机能评价、治疗的实用型、高素质康复治疗人才。
主要课程：人体形态学、病理学、人体发育学、康复评定技术、人体运动学、运动治疗技术、作业治疗学、物理因子治疗技术、社区康复、常见疾病康复、言语治疗技术等。
毕业去向：到各级医院康复治疗科、疗养院、社区康复机构等从事康复、针灸推拿等工作；还可根据国家政策自主创业、参与公务员、专升本等考试和“三支一扶”招募。
3、医学影像技术专业
培养目标：培养能够胜任医学影像检查、初步诊断、治疗技术、医学影像设备维护管理等工作的应用型基层医学影像技术专业人才。
主要课程：医学影像解剖学、生理学、病理学、医学影像成像原理、影像电子学基础、医学影像设备学、放射物理与防护、断层解剖学、检体诊断学、内科学、外科学、妇产科学、儿科学、医学影像检查技术、医学影像诊断学、介入放射学、超声诊断学。
毕业去向：医学影像技术专业学科涉及面广，整体性强，发展迅速，是一门独立而成熟的学科。毕业生就业前景十分乐观。可到各级各类医疗卫生机构的影像科室、设备科、医疗器械（维修）公司等工作；还可根据国家政策自主创业、参与公务员、专升本等考试和“三支一扶”招募。