深圳大学海洋科学系于2011年开始招收本科生，该学科填补了深圳这个滨海城市没有海洋类本科教育的空白。经过全体教师的努力，目前海洋科学系本科专业门类齐全、实践教学能力突出，教师整体素质较高，2014年海洋科学系获评“广东省工人先锋号”荣誉称号。
“海洋科学菁英班”由中科院南海海洋研究所（广州）与深圳大学合作创办，培育具有扎实的基础知识、熟练掌握海洋科学研究的基本方法、热爱a海洋科学的高层次拔尖创新人才。海菁班每年从生命科学学院海洋科学系中选拔，班级人数20人，优秀学生可免复试攻读中科院南海海洋研究所的研究生。此外，深圳大学及南海海洋研究所分别在奖学金，南海海洋研究所特色暑期夏令营等方面给海菁班学员优惠条件。海菁班采取卓越人才动态培养方式，实现院校与科研机构资源的有机整合，合作双方均会派出多位专家开设面向海菁班的海洋专业课程，课程纳入深圳大学海洋科学系本科生培养体系中。南海海洋研究所为海菁班本科生提供6-12月的实践实习机会，委派专业导师指导，使学员在本科阶段就接触新海洋科学科研成果，更深入掌握海洋科学专业知识，提高科学实践的能力。
| 专业名称 | 开设学校 | 学制 | 地址 |
|---|---|---|---|
| 海洋科学 | 广东省水产学校 | 3年 | -- |
| 大气科学、船舶与海洋工程、轮机工程、航海技术、电气工程及其自动化、环境科学、热能与动力工程 | 广东省水产学校 | -- | -- |
| 海洋乘务 | 辽宁装备制造职业技术学院 | 三年,一年 | -- |
| 海洋技术 | 南通大学计算机科学与技术学院 | 四 | -- |
| 海洋乘务 | 郑州文理专修学院 | -- | -- |
| 海洋类--船舶驾驶 | 黄岩第二职业技术学校 | 3 | -- |
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