享受南京医科大学部分奖学金，如费孝通奖学金。此外，学院设有完善的资助体系，激励在校学生全面发展、奋发成才，帮助家庭经济困难的学生自强自立、顺利完成学业。学院学生享有国家奖学金、国家励志奖学金、国家助学金、优秀学生奖学金、创新奖学金、境外访学奖学金、刘一麟奖学金、刘一麟助学金、中康励志助学金和仁济助学金等十余项奖助学金。

自2015年起，学院设立新生奖学金，鼓励品学兼优学生报考我院，奖金高额度为20000元。