基础医学部
基础医学部是在原漳州卫校形态教研组和机能教研组基础上组建，是学院实施基础医学教育的重要部门，承担了各专业的基础医学课程和眼视光技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术3个专业的专业课程。
基础医学部现有眼视光技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术3个专业。眼视光技术专业是学院特色的新兴专业，是国家高职眼视光技术教育资源库建设项目合作单位，是学院与厦门宝岛眼镜有限公司和福州明视眼镜公司联合办学，进行“校企合作，订单式”培养。医学检验技术专业为省级精品专业。在校学生600多人，近三年来学生就业率保持在98%以上。
基础医学部设8个教研室（人体解剖与组织胚胎学教研室、生理学教研室、病原生物与免疫学教研室、病理学教研室、生物化学与生化检验教研室、临床检验教研室、眼视光教研室、卫生检疫教研室）、
4个实训中心（眼视光技术实训中心、医学检验技术实训中心、卫生检疫技术实训中心和基础医学实训中心）、2个馆（人体生命科学馆、医学伦理教育馆）、1个遗体捐献接受站。其中“医学检验技术实训中心”为福建省教育厅、财政厅资助的职业教育实训基地，人体生命科学馆与医学伦理教育馆为福建省红十字人道与生命教育基地和漳州市科普教育基地，“遗体捐献接受站”荣获“省级五一先锋岗”。遵循“院校合作、工学结合”办学原则，建立合作紧密的教学实习医院24所，校企合作的实训基地20个，满足现在校学生实习实训。
基础医学部教职工共46人，其中专任教师33人、实验实训教师10名。省级教学名师1人，双师型教师31人，企业兼职教师36人，已构建一支优秀的、师资队伍较强、合理双师结构的教学团队。“医学检验技术专业教学团队”为省级教学团队。已获得省级精品课程2门，主编、副主编教材23部，完成省市以上课题20项，其中2项已获得漳州市科技成果奖三等奖。近几年来，基础医学部成绩斐然，获得“全国高职高专院校科研工作先进单位”和“福建省教育系统先进集体”称号。
医学检验技术
医学检验技术专业开办于1971年，至今有三十多年办学历史，2009年被评为福建省省级精品专业，在福建省同等高校中具有显著的专业特色和良好的社会名誉。许多毕业生已成为医疗战线上的骨干，得到社会的广泛认可。
医学检验技术专业设立在基础医学部，是我院重点建设的主干专业之一，专业拥有一支教学水平高，科研能力强的教学团队。具有省级教学名师1人，教授、副教授、主任检验师、副主任检验师等高级职称14人，讲师、主管检验师10人，企业兼职教师16人。已获得省级精品课程2门，主编、副主编教材23部，完成省市以上课题20项，其中2项已获得漳州市科技成果奖三等奖。在团队带头人唐忠辉教授的领导下，团队于2009年获得福建省省级教学团队称号。
建立了功能完善的实训实习基地，拥有校内医学检验实训中心，附属漳州市中医院医学检验实训中心，漳州市医院医学检验实训中心的三个实训中心。并与各个省级、市级医院紧密合作，建立合作紧密的教学实习医院24所，校企合作的实训基地20个，满足学生实训、见习、实习的教学要求。形成工学结合的医学检验技术专业人才培养模式。2008年6月医学检验技术实训中心被福建省教育厅列为福建省财政支持的职业教育实训基地建设项目。
坚持以“学生就业工作为中心，完善人才培养机制”的理念，打造了良好的就业现状和社会声誉，形成就业与招生的良性循环，造就漳州卫生职业学院医学检验技术专业美好未来。
专业培养目标：
培养适应我国社会主义市场经济发展需要，德、智、体、美全面发展，掌握必备的基础理论、基本知识和基本技能，能从事适应基层医疗卫生机构（包括农村和社区等）或各级医院、疾病预防控制中心、中心血站、医学研究机构、医药生物技术行业等第一线检验技术工作的高尖端技能型人才。
招生对象与学制：
（1）招生对象：普通高中毕业生（理工类）、中专毕业生。
（2）学制：三年。
毕业学历：大学专科
核心课程：
医用化学、分析化学、生物化学、病理学、临床医学概论、临床检验技术、微生物检验技术、生物化学检验技术、血液学检验技术、免疫检验技术、寄生虫检验技术、临床检验仪器、病理检验技术。
就业方向：
各级各类（市、县、乡镇、社区）医院、中心血站、疾病控制中心的检验科室或病理科室，医学科研单位、法医检验机构、产品质量检验所、进出口检验检疫局、食品生产企业、自来水公司、生物制品研究所、有害物质检测中心等部门的质检科室及检验科室。
就业情况：
学院医学检验技术专业毕业生的就业面广、就业率高。近几年毕业生的一次性就业率一直保持在95.61%以上，95%以上的毕业生实现对口就业。在各个市级、县级、乡镇（社区）医院检验科或病理科及相关具有检验职能的单位部门都有来自我院的医学检验技术专业毕业生，并且有些人已成为科室主任（负责人）或骨干技术人员。
卫生检验与检疫技术
卫生检验与检疫技术专业是我院经社会人才需求调研，依托省级精品专业即医学检验技术专业基础上于2010年开设的专业，已招生二届学生。作为新建专业，学校在师资队伍建设、实验室建设等方面给予大力的投入，本专业现已有一支较强的师资队伍，其中省级教学名师1人，教授1名、副教授4名、高级实验师2名，同时聘请漳州市疾病质控中心、检验检疫局检验科与环保局监测站一线的专家为兼职教师10人。已获得省级精品课程2门，主编、副主编教材23部，完成省市以上课题20项，其中2项已获得漳州市科技成果奖三等奖。该专业有完善的校内实训中心，配备有生物安全一级和二级实验室及门类齐全的实验室、仪器室和准备室，专业教学仪器设备有高效液相色谱仪、气相色谱仪、细菌鉴定仪、PCR仪、荧光显微镜等。已建立完善的后期教学实践基地。学生前两年在校学习，后一年在县级及以上医院检验科、疾病质控中心、检验检疫局检验科与环保局监测站见习与实训和信化食品(漳州)、福建紫山集团龙海奥瑞水产、厨师食品集团等企业拓展顶岗实习。本专业人才培养方案根据专业岗位的需求设计，教学中十分重视学生综合素质和操作技能的培养，使培养的学生能适应现代科技发展的需求。
专业培养目标：
培养具有良好的公共道德和职业道德，具有终身学习理念，具有团队意识和协作精神，具有较强的学习能力、实践能力、创新能力、就业能力、创业能力，德智体美全面发展的高素质、应用性、创新型并具有卫生理化检验、微生物学检验及毒理检验、医学检验基础等各方面的基本理论知识和操作技能的高等应用性卫生检验与检疫技术专业的高尖端技能型人才。
招生对象与学制：
（1）招生对象：普通高中毕业生（理工类）。
（2）学制：三年。
毕业学历：大学专科
核心课程：
正常人体学、分析化学、病理学、医学统计学、临床医学概论、临床检验基础、卫生微生物检验技术、食品理化检验技术、水质理化检验技术、空气理化检验技术、生物化学检验技术、免疫检验技术、寄生虫检验技术、卫生检验检疫、毒理学基础、生物材料检验等。
就业方向：
各级疾病质控中心、食品药品监督管理部门、质量技术检验所、食品生产厂家、商品检验部门、出入境检验检疫所、环保部门、环境监测站、自来水公司、生物制药公司、诊断试剂经销公司从事卫生检验检疫以及质量控制工作。
眼视光技术
漳州卫生职业学院是福建省第一个创办眼视光专业技术专业的高职院校，早在2001年开办的，具有十几年的办学历史，居有比较显著的专业特色和良好的社会声誉，是国家高职眼视光技术教育资源库建设项目合作单位。
眼视光技术专业作为学院特色的新兴专业，与厦门宝岛眼镜有限公司和福州明视眼镜公司联合办学，进行“校企合作，订单式”培养，毕业生就业率100%。目前，学院与厦门大学附属眼科中心联合筹建漳州卫生职业学院附属眼视光中心。该专业师资雄厚，有省级教学名师1人，专业带头人、眼科教授、高级验光技师等，有一批中青年骨干教师和优秀实验实训指导教师。已获得省级精品课程2门，主编、副主编教材23部，完成省市以上课题20项，其中2项已获得漳州市科技成果奖三等奖。拥有校内实训中心约540平方米，包括仿真验配一体化中心、多功能示教室、临床视光实训室、综合验光实训室、检影实训室、角膜接触镜验配实训室、配镜技术实训室等7个区域，均配备国内领先的实验实训设备。校内实训中心实现资源共享，集教学、培训、考核和技术服务为一体，构建了漳州市乃至福建省眼视光技术职业教育和职业培训的公共服务平台。
专业培养目标：
主要培养具有专业眼视光技术，眼科学基础理论知识，并掌握常见眼睛疾病检测、验光配镜、屈光不正矫正和视觉训练技能的眼视光高尖端技能型人才。
招生对象与学制：
（1）招生对象：普通高中毕业生（文理兼收）、中专毕业生。
（2）学制：三年。
毕业学历：大学专科
核心课程：
正常人体学、疾病学基础、临床医学概论、眼应用光学基础、视光学基础、验光技术、眼镜技术、角膜接触镜验配技术、眼科临床与检测、眼视光器械操作、斜弱视和双眼视处理技术、低视力矫正技术、实用眼屈光、初级眼保健、眼镜美学应用、眼镜质检、眼镜营销技巧等。
就业方向：
各大中型眼镜公司；视光产品生产、销售、维修、质检等相关企业；各级各类医疗卫生机构；初级眼保健机构等行业从事验光、配镜及质检工作；眼视光产品营销及保养工作；眼科视光技术工作；社区眼保健工作等。
就业情况：
全国近几3亿人口配戴眼镜，按每三年更新计算，每年眼镜销售总量为1亿副，按平均单价160元计算，加上太阳镜的消费，眼镜零售市场总额约为200亿，并以每年15%以上的速度增长。
眼视光技术专业以培养“医工结合型”高级眼视光技术特色人才为目标，既能从事眼镜行业验光配镜业务，又能从事医院眼视光技术工作，就业前景十分广阔。毕业生获得毕业文凭、劳动部门“高级验光证书”、“中级定配工证书”等专业技能证书。
附：明视眼镜联合班简介：
“明视眼镜联合班”：
漳州卫生职业学院与福州明视眼镜公司，以校企合作方式，签定“校企合作订单式人才培养协议书”，实行“订单式”培养，采用“1.5+0.5+1”的模式，实现专业设置与社会需求、学生毕业和就业岗位的无缝对接，成立“明视眼镜联合班”，定向培养，实行学习、实习、就业一体化地培养模式。
“明视眼镜联合班”报名方式：学生（专业不限）入学漳州卫生职业学院后，在第一学年内均可到基础医学部或招生就业办申请，经面试评估后，合格者均可成为“明视眼镜联合班”的一员。
“明视眼镜联合班”优惠待遇：①所有“明视眼镜联合班”的学生均享受学制优惠：在校学习1.5年+福州明视眼镜公司系统学习0.5年+福州明视眼镜公司顶岗实习1年（实习期间公司提供1000元/月实习补贴）；②优秀学生将获得由福州明视眼镜公司提供的定向奖学金、专业奖学金；③优秀毕业生可优先转为明视眼镜正式员工，享受明视眼镜正式员工待遇以及晋升平台。