学校是国家博士学位授权立项建设单位、国家中医临床研究基地建设单位、国家中药现代化科技产业(安徽)基地、国家中医药国际合作基地、国家药品临床研究基地、硕士研究生推荐免试单位,是安徽省第七、第八、第九届文明单位。2005年以优良成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估,2009年学校以优异成绩率先通过国家教育部中医学专业试点认证。2011年获省政府批准组建安徽省中医药科学院(与安徽中医学院一个机构二块牌子)。占地近1 000亩的少荃湖新校区建设被列入安徽省“861”计划,2013年秋季开学一期工程竣工投入使用。
学校现占地总面积1 171亩,有梅山路、史河路、少荃湖三个校区。教学科研仪器设备总值近8 000万元。图书馆纸质藏书87万册、电子图书80万册,古籍部珍藏古籍线装书3万册,是“全国古籍重点保护单位”。中药标本中心是全国医药院校珍藏标本丰富、独具特色的标本馆,储藏了近10万份药用植物腊叶标本。新安医学文化中心是安徽省中医药文化宣传教育基地。