北京大学医学部招收的博士研究生分为两种类型：一类是攻读医学（理学）博士学术学位（招生目录中除“临床医疗技能训练与研究”以外的研究方向），以培养从事基础理论或应用基础理论研究人员为目标，侧重于学术理论水平和实验研究能力的培养，学生毕业时授予“医学”或“理学”博士学位；一类是攻读临床医学/口腔医学博士专业学位（招生目录中研究方向为“临床医疗技能训练与研究”），以培养临床医师、口腔医师的应用型人才为目标，侧重于从事临床医疗工作能力的培养，学生毕业时达到学位授予标准者授予临床医学或口腔医学博士专业学位。